نص قانون تنظيم الجامعات الخاصة والأهلية، على أنه يتم انشأ بالوزارة المختصة بالتعليم العالى مجلس يطلق عليه “مجلس الجامعات الخاصة والأهلية” يكون تحت رئاسة الوزير المختص بالتعليم العالى، وبعضوية كلا من رؤساء الجامعات الخاصة والأهلية، وكذلك أمين المجلس الأعلى للجامعات، ومستشارى الوزير بالجامعات، وايضا أربع من رؤساء مجالس أمناء الجامعات منهم ثلاثة من الجامعات الخاصة وشخص واحد من الجامعات الأهلية يتناوبون العضوية فيما بينهم بشكل دوري كل عام بحسب أقدمية إقامة الجامعة، وخمس من الشخصيات العامة الخبراء فى مجال التعليم يتم اختيارهم من خلال الوزير، وثلاث من رؤساء الجامعات التي تملكها الدولة يتم ترشيحهم من خلال المجلس الأعلى للجامعات، وتكون مدة عضويتهم عام قابلة للتجديد لمرة واحدة فقط.
وطبقا للقانون، يكون للمجلس أمين يتم اختياره من قبل الوزير لمدة عامين قابلة للتجديد، ويكون عضو بالمجلس، وللمجلس حق في أن يدعوه لكي يحضر اجتماعاته من يرى الاستعانة بهم من رؤساء مجالس الأمناء والخبراء المتخصصين، بدون أن يكون له صوت معدود، هذا المجلس يختص بمراقبة وتطوير وضمان جودة العملية التعليمية والبحثية وله فى طريق ذلك على الأخص ما يأتى:
- رسم السياسة العامة للتعليم الجامعى والبحث العلمى في الجامعات الخاصة والأهلية والعمل على التننسيق مع مؤسسات التعليم العالى الأخرى وذلك ضمن السياسة العامة للتعليم العالى والبحث العلمى بما يتوافق مع حاجة البلاد.
- مراقبة سير العملية التعليمية والبحثية في الجامعات الخاصة والأهلية، عن طريق التقارير السنوية لأدائها وبمتابعة تطبيق المعايير المعتمدة والقياسية وبحث الجداول الزمنية للتقدم للهيئة القومية لضمان جودة التعليم.
- -يتم دراسة تقارير الهيئة القومية لضمان جودة التعليم والاعتماد فيما يختص بالجامعات الخاصة والأهلية واتخاذ ما يلزم من إجراءات طبقا لقانونها الذي يحمل رقم ٨٢ لعام ٢٠٠٦.
- التنسيق بين نظم الدراسة والامتحان والدرجات العلمية بالجامعات الخاصة والأهلية ضمن السياسة العامة للتعليم العالى.
- تنظيم قبول الطلبة وتحديد أعدادهم طبقا لمعايير الجودة
