قام قانون البناء بتحديد عقوبة لمن يخل بمهام وظيفته، فيما يرتبط بتراخيص المنشات والمباني والتعلية والهدم وباعتماد مشروعات التقسيم، حيث تنص المادة (99) على أن يتم معاقبته بالسجن الذى لا تزيد مدته على خمسة اعوام وبدفع غرامة لا تقل عن 50000 جنيه ولا تتجاوز 200000 جنيه، أو بإحدى هاتين العقوبتين كلا من أخل بشكل عمد بأى من مهام وظيفته التي نص عليها مواد القانون وهي (17، 18، 29 فقرة ج، 32، 36، 37، 39، 40، 44، 62 فقرة ثالثة، 96، 113 الفقرتين الثالثة والرابعة) من ذلك القانون، حيث يجوز الحكم فضلا عما قام بالتقدم بالعزل من وظيفته، وهنا تتعدد العقوبات بتعدد المخالفات.
والعقوبة تكون السجن ودفع الغرامة التى لا تقل عن 10000 جنيه ولا تتجاوز ال 100000 جنيه أو بإحدى هاتين العقوبتين إذا كان الإخلال ناشئ عن الرعونة والإهمال أو عدم الاحتراز.
حيث تنص المادة (17) التي ضمت العقوبة مخالفة أحكامها، على أن تقوم الجهة الإدارية المختصة بشئون التخطيط والتنظيم بالوحدة المحلية بالالتزام بمنح أصحاب الأمر صلاحية الموقع من الجهة التخطيطية والاشتراطات البنائية الخاصة بالموقع وذلك يكون بمراعاة أحكام المادة (19) من ذلك القانون.
كما تنص مادة (39) بالفقرة الأولى، على أن يتم حظر إنشاء مباني أو منشآت أو إنشاء أعمال أو القيام بتوسعها أو بتعليتها أو حتى القيام بتعديلها أو بتدعيمها أو بترميمها أو بهدم المباني الغير خاضعة لقانون هدم المباني الغير آيلة للسقوط بشكل جزئي أو بشكل كلي أو بإجراء أى تشطيبات خارجية بدون الحصول على ترخيص في هذا من خلال الجهة الإدارية المختصة بشئون التخطيط والتنظيم طبقاً للاشتراطات التخطيطية والبنائية التي ترد ببيان الصلاحية الساري للموقع على النحو الذي توضحه اللائحة التنفيذية لذلك القانون.
